La vida religiosa de Pedroso durante la época moderna se articulaba en torno a un entramado denso de cofradías y devociones que estructuraban tanto la espiritualidad comunitaria como el patrimonio eclesiástico del pueblo. El Catastro del Marqués de la Ensenada y los libros de cuentas parroquiales del siglo XVIII revelan la presencia de numerosas hermandades que ejercían un papel central en la preservación del patrimonio religioso local y en la configuración de la devoción popular.
Entre estas cofradías figuraban la de la Vera Cruz, que poseía tierras en el término; la de Todos los Santos; la de las Ánimas; la del Santo Ecce Homo, devota de una imagen de Jesús tras la flagelación popularmente conocida como San Ziomo; la de San Martín y San Sebastián; la del Santísimo; la de la Concepción; la de San Cristóbal y la del Señor. Todas ellas se encuentran documentadas en los registros parroquiales, con referencias precisas en los libros de cuentas: el Ecce Homo en el folio 25v, San Martín y San Sebastián en el folio 39v, el Santísimo en el folio 48v, la Concepción en los folios 49v y 50v, San Cristóbal en el folio 94v y el Señor en el folio 173v. Estas asociaciones no solo articulaban la vida espiritual de la comunidad, sino que también poseían bienes inmuebles y gestionaban patrimonio, convirtiéndose en pilares de la estructura religiosa y económica del pueblo.
Un aspecto particularmente singular de la vida religiosa de Pedroso fue el papel que sus párrocos ejercieron como figuras taumatúrgicas con influencia que trascendía los límites locales. Un caso documentado en 1576 refiere la existencia de un cura de Pedroso que gozaba de fama regional por realizar curaciones milagrosas, siendo solicitado incluso desde Logroño. Este sacerdote, según la obra Logroño histórico de F.G. Gómez, era invitado a la ciudad para "conjurar los gusanos o insectos que siempre hubo en las plantas", dado que "por los términos de esta ciudad hay gusano que ofende las viñas y que se suele enviar por el cura de Pedroso para echar el agua y conjurarlo". La práctica reveló una interesante mezcla de religión y medicina popular, donde "la piadosa costumbre y la ciega confianza en el agua traída de la basílica, continuó en práctica siempre que había temor de plagas". Esta actividad como curandero folk del párroco de Pedroso prosiguió al menos hasta 1577, con repetidas excursiones a Logroño, continuando hasta la muerte del cura. Estas devociones especiales y la reputación de figuras religiosas locales con capacidad para intervenir en plagas agrícolas demuestran la complejidad de la espiritualidad rural en la época moderna, donde lo sagrado y lo material, lo espiritual y lo práctico, se entrelazaban de manera indisoluble en la vida cotidiana de las comunidades rurales.