Pedroso experimentó durante la Edad Moderna una trayectoria marcada por el esplendor inicial seguido de un declive prolongado que se extendería a lo largo de los siglos XVII, XVIII y XIX. Esta evolución económica y demográfica refleja tanto el poder de la manufactura textil como la vulnerabilidad de las economías locales ante los cambios estructurales en los circuitos comerciales.
Durante el primer tercio del siglo XVII, la villa gozaba de una considerable prosperidad que le permitía financiar obras de envergadura. El testamento de Juan de Pedroso proporciona un testimonio elocuente de esta situación: la construcción de la Capilla de San Juan de Letrán fue encomendada a maestros canteros de origen montañés, particularmente cántabros especializados en labra de piedra, lo que demuestra que Pedroso contaba con capacidad suficiente para atraer técnicos de prestigio e impulsar proyectos de consideración. La dotación de 600 ducados anuales en perpetuidad para el mantenimiento de la capilla y el sustento de sus capellanes revela la solidez patrimonial acumulada por la familia Pedroso. La riqueza de la época se manifestaba además en donaciones de arte, platería y reliquias de considerable valor, que evidenciaban los contactos de estas familias con centros artísticos y religiosos de relevancia nacional, como el Monasterio de la Cartuja de Sevilla, así como con grandes urbes como Logroño y Madrid.
La iglesia de San Juan de Letrán constituye un testimonio monumental de este período de prosperidad, aunque ha permanecido prácticamente desapercibida para la historiografía actual a pesar de su importancia como obra del período. Su construcción reflejaba la "grandiosidad de su fábrica" y la capacidad de la villa para patrocinar empresas constructivas de envergadura. Sin embargo, la situación actual del edificio contrasta radicalmente con aquel esplendor pretérito: se encuentra en lamentable estado de ruina, cuya definitiva pérdida representaría "un hecho irreparable para la historia y el patrimonio cultural de La Rioja".
El apogeo textil de Pedroso alcanzó su máxima expresión ya entrado el siglo XVIII. Según el Catastro del Marqués de la Ensenada de 1752, la villa contaba con casi trescientas personas cuya subsistencia dependía de la producción de lienzos y paños. El caserío de esa época se componía de 234 casas habitadas, 18 abandonadas y 20 en estado de ruina o convertidas en solares, lo que evidencia una población significativa aunque ya presentaba signos de debilitamiento.
El siglo XIX presenciaría el colapso definitivo de la estructura económica que había sustentado a Pedroso durante dos siglos. Hacia 1849, la industria se había contraído de forma dramática: existía una única fábrica de paños ordinarios que constituía la mayor riqueza del pueblo, equipada con apenas 8 telares que proporcionaban empleo a 15 operarios. El caserío se había reducido considerablemente a 180 casas habitadas y 53 solares de edificios derruidos, cifras que testifican un descenso tanto demográfico como en la densidad de ocupación del territorio. Este retroceso económico y poblacional refleja cómo la industria textil local no pudo competir en los nuevos sistemas de producción capitalista, condenando a la villa a una larga etapa de estancamiento y emigración.