La iglesia parroquial de El Salvador de Pedroso, también citada en algunos documentos como San Salvador, es el edificio más importante del centro urbano de la villa. Se levanta en la manzana catastral 32335 (coordenadas UTM ETRS 89: 523171/4683170) y fue declarada bien de interés cultural en la categoría de monumento el 15 de enero de 1982, gozando de protección integral y encontrándose en buen estado de conservación.
Su construcción se inició en estilo gótico en 1498 y se prolongó durante más de un siglo y medio, hasta que el edificio alcanzó, hacia 1650, el aspecto que en buena medida conserva hoy. En esa larga obra intervinieron varios arquitectos. García Martínez de Lequeitio la comenzó en 1498 y es responsable de la portada gótica tardía y de parte de las naves laterales. Le sucedió Juan Martínez de Mutio, encargado de las estructuras principales: según una de las fuentes trabajó en dos periodos, entre 1515-1520 y 1544-1556, mientras que otra recoge su intervención como un trabajo continuado entre 1515 y 1556. Hacia 1572, Juan de Huequel (o Juan Huequel) levantó la torre original. Cerraron el ciclo constructivo Pedro de Aguilera y Domingo de Urroz —llamado también Domingo de Arroz según otra fuente—, que ejecutaron la sacristía entre 1635 y 1650.
El templo presenta una sólida construcción de mampostería con elementos de sillería, reforzada por contrafuertes. Su planta es cuadrangular, formada por tres naves de cuatro tramos a igual altura; la nave central remata en una cabecera ochavada de tres paños, y a los pies se levanta un tramo suplementario que alberga el coro y sirve de base a la torre. Las techumbres se sostienen sobre pilares redondos con arcos apuntados que soportan crucerías en forma de estrella. La portada, orientada al sur en el penúltimo tramo, luce tres arquivoltas apuntadas de estilo gótico tardío, huella clara de los primeros maestros que trabajaron en la obra.
La torre original terminó amenazando ruina, por lo que fue desmontada para construir una nueva. El encargo se hizo en 1711 al calagurritano Sebastián de Portu, quien con la ayuda de Juan de Aguirre y Juan de Morgata llevó a cabo el desmontaje. Al incumplir Portu su cometido, se le rescindió el contrato y la obra se adjudicó, también en 1711, a Juan de Anguiozar, apoyado por Juan de San Juan y Bautista de Olazábal, que la concluyeron en 1718. La torre resultante consta de dos cuerpos de planta cuadrada en sillería y mampostería y un tercero superior, octogonal, de sillería y ladrillo, donde se alojan las campanas.
En el interior destaca el retablo mayor, obra barroca de mediados del siglo XVII, junto con los retablos laterales de finales de esa misma centuria. Se conservan imágenes de estilos románico, barroco e hispanoflamenco, varios cuadros y una capilla dedicada al caballero pedroseño Juan de Villarreal, gobernador general de México, de finales del XVII, cerrada con una notable rejería barroca. Completan el patrimonio interior el coro, también de finales del XVII, con dieciséis asientos y facistol, una imagen de la Virgen románica y un gran órgano barroco de mediados del siglo XVIII.
Más allá del edificio y sus imágenes, la parroquia contó históricamente con un patrimonio económico considerable, según recogen los Memoriales del Catastro del Marqués de la Ensenada. Poseía la Casa de Primicias y una casa cedida por don Francisco de Herce, junto con las primicias del pueblo, además de censos a su favor de la Cofradía de Nuestra Señora de la Asunción y de Santiago, y otro de la Iglesia Parroquial de la villa de Haro. Sus propiedades territoriales se repartían por varios términos: Las Viñas, cerro La Arena, La Olma, el valle de Baldevedral, Lombila, Entre las Tapias, Caraboza, Lombilla Pajar, Pago de la Santa y Badillo. Este amplio patrimonio da testimonio de la importancia que la institución eclesiástica tuvo en la vida económica y social de Pedroso durante la Edad Moderna.