Durante la Edad Moderna, el concejo de Pedroso, fortalecido por la importancia creciente de la villa, inició gestiones para independizarse de la tutela directa del Monasterio de Santa María de Nájera. Con ese propósito interpuso un pleito ante la Real Chancillería de Valladolid, que concluyó con un acuerdo transaccional: Pedroso seguiría perteneciendo formalmente al monasterio, pero pagaría anualmente 9 ducados de moneda de vellón y un banquete para el abad. Además, el merino nombrado por la villa estaría obligado a bajar al monasterio para jurar su cargo. A cambio, el monasterio cedía el resto de los derechos que poseía en la localidad.
Este arreglo fue definitivamente formalizado en 1699-1700, cuando el monasterio cedió todos sus derechos a cambio de una cantidad única de 3.000 ducados de vellón pagadera por la villa. A partir de entonces, Pedroso se convirtió en villa de dominio realengo, alcanzando su máxima independencia administrativa.