La iglesia de San Juan, conocida también como San Juan de Letrán, es un edificio clasicista situado en el casco urbano de Pedroso, junto al río. Su construcción se sitúa en la primera mitad del siglo XVII, y según uno de los documentos consultados data concretamente del año 1630. Actualmente se encuentra en estado de ruina, conservando en pie los muros perimetrales y los arranques de las bóvedas, lo que permite todavía apreciar sus características constructivas y artísticas.
El templo fue fundado por el caballero pedroseño Juan de Pedroso, del hábito de Santiago y miembro de los Consejos de Guerra y Hacienda. Además de financiar la fábrica del edificio, instituyó varias capellanías para sostener económicamente a los curas de la iglesia y dotó el culto con ochocientos veinticuatro reales de vellón anuales destinados a cera, aceite, ornatos y culto divino.
El proyecto arquitectónico corrió a cargo de Pedro de Aguilera, maestro que ya había trabajado en la región construyendo la sacristía de la iglesia parroquial de El Salvador. La fachada fue realizada por Francisco de Guinea, quien le imprimió un fuerte sabor madrileño característico del clasicismo de la época; según las fuentes, esta parte de la obra se llevó a cabo bajo la dirección general de Pedro de Aguilera, aunque otro documento atribuye la dirección de la fachada a Félix Domínguez. La construcción combina sillería en la fachada y el zócalo con mampostería encadenada con ladrillo en el resto de la estructura, técnica habitual en la arquitectura religiosa riojana del momento.
La planta responde al esquema de cruz latina, con una única nave organizada en tres tramos, un crucero bien marcado, una cabecera rectangular y una cúpula sobre pechinas que cubría el espacio central. En la cabecera se disponía una cripta, probablemente destinada a funciones de sacristía y enterramientos, como era habitual en los templos de rango. La fachada luce, bajo portada, la imagen de San Juan, titular del templo, flanqueada por los escudos heráldicos del fundador Juan de Pedroso, que subrayan el patronazgo de la familia. El conjunto se remataba con una espadaña de dos huecos para las campanas.
La documentación del Catastro del Marqués de la Ensenada, de 1752, aporta además datos sobre el entorno inmediato del templo: describe una casilla para tejar situada enfrente de la iglesia, así como suelo muerto bajo las casas de Balthasar de Castroviejo Rubio e Ignacio Escudero Ybarreta.