En 1759 se produjo un conflicto entre el capellán mayor Juan Bautista de Bujanda y Francisco Negreira y Quintela, vecino procedente de Galicia que había comprado una casa adosada al muro perimetral del atrio de la iglesia de San Juan de Letrán. El atrio o plazuela estaba cerrado por muros del mismo material que la iglesia y mojoncillos. Con el paso de los años, diversas casas se habían adosado a estos muros, incluyendo la que pertenecía originalmente a Ángela Magdalena Escudero, heredada de su madre y abuelos. En 1750, Escudero construyó una habitación que unía la casa al muro perimetral, orientando su tejado hacia el templo y abriendo una puerta en el atrio. Ante protesta del capellán, la puerta fue cerrada y la cuestión zanjada. Sin embargo, en 1757 la casa fue vendida a Francisco Negreira y Quintela.
En julio de 1759, Negreira fue acusado ante el Obispado de Calahorra de tirar maderas en el atrio y utilizar sus muros para fines poco acordes con la dignidad del lugar sagrado. El conflicto se agravó cuando Negreira reabrió la puerta de comunicación al atrio. El 18 de septiembre, el Obispo falló a favor del capellán, considerando el espacio como sagrado y perteneciente a la fábrica del templo, ordenando su cierre en tres días. El 5 de octubre, Juan Bautista de Bujanda cerró la puerta, gastando 64 reales (54 en materiales y mano de obra, 10 en diligencias). Sin embargo, el 14 de octubre Negreira, junto con su criado, reabrió nuevamente la puerta en un día festivo, causando gran revuelo en la población.
En su informe al Obispo, el capellán reveló que Negreira había estado en la cárcel por causa criminal, afirmaba ser pobre pero poseía caballo y trabajo, y se verificó que ocultaba ingresos y hacienda en Galicia. El Obispo ordenó su apresamiento. Negreira fue ingresado en la cárcel real de Pedroso el 23 de octubre, pero el 26 por la noche logró fugarse en connivencia con el alguacil Manuel Lobillo. El 5 de noviembre se remitió la causa a la Chancillería de Valladolid, donde Negreira había apelado, con orden de absolver a Negreira y a las demás personas excomulgadas por la causa en el plazo de sesenta días. La documentación termina con nota de remisión de los originales del 22 de septiembre de 1761, sin especificar el veredicto final.